说：“皇上虽没有过失，但为帝王的学问却不可以不熟讲。朝政虽没有缺误，但修明朝政、抵御外敌的大计却不可不早日决定。利害忧乐虽不可能全面列举，但事关国家的根本问题却不可以不加留意。陛下在培养自己品德的初期，亲自批阅文献奏疏，不过是诵读诗文章句，吟咏情性，又特别留意道家、佛教的书籍。记诵诗文的词藻，并不能够探讨事物发展的渊源而制定出治国之道；道家的虚无和佛家的寂灭，并不能够贯穿万物的始终而建立适当的大中之道。帝王的学问，必须先穷究事物的本原而获得知识，以便透彻地认识事物的变化，使世间万物的道理，都能存在于心中，对事物的纤细微末之处全都看得透彻，就会自然意念真诚，心地端正，而可以治理好天下的事情。”其次说：“修明朝政，抵御外敌的方针之所以不能及时制定，是被讲和的论调给耽误了。金人是宋朝不共戴天的仇敌，不可能和好是很明显的了。我希望根据公道、正义果断地做出决定，封闭关隘，断绝和约。任用贤明能干的人才，确立国家法度，纯洁士风民俗。几年以后，国家富足，军队强大，根据我国力量的强弱，观察金人内部裂痕的深浅，慢慢起兵设法打败他们。”再接着说：“全国的利害，在于百姓的快乐与忧虑，百姓的安危忧乐，在于地方官员是否贤明。监司机构是监督地方官员的主要机关，而朝廷是委任监司机构官员的根本之地。要想让百姓安居乐业，各得其所，根源也在于朝廷了。现在的监司机构及其官员，狼狈为奸，贪赃枉法，大肆地掳掠、害民的官员，主要就是宰相、台谏的亲戚、故旧、门生、朋友。他们中失去了权势的人，曾经按他们所得的私利情况而罢逐了他们；还在当权的那些人，难道没有谋私利的吗？敬请陛下亲自去了解。”
隆兴元年(1163)，又被朝廷召见。入朝奏对治策，其中请求按照法律条文奖赏交纳粟米的人。有时到郡县学校，招引进士学子与他们讲习学问，议论道理。走访白鹿洞书院遗址，上奏恢复原来的样子，制订《学规》使他们遵守它。纪律、朝纲。大概天下的规章纪律、朝纲不能自身形成，一定要皇上的心术公平正大，没有受私情左右而偏颇反复、犹豫不定，然后依赖于此而建立。皇上的心术不能自发地纯正地确立，一定要亲近贤臣，疏远小人，讲论明白仁义、道理的归宿，关闭阻塞自私的邪路，这样才能使皇上的心术纯正地确立。
“现在宰相、台谏省官、师傅、宾客朋友、谏诤之臣都失职不负责任，而陛下与他们亲近、商量谋划的人，不过一、二个宠幸的大臣。对上以蛊惑陛下的心思与志向，导致陛下不相信先王圣贤的大道理，而以追求功利的卑下浅见为快乐；不喜欢志士的宏大言论，而安逸于私利、鄙陋的丑态。对下则招收聚集天下士大夫中好利而没有廉耻的人，文人武士各以道分，都各自加入他们的门槛。所喜欢的人暗中引见接纳，升迁为显官要职。所不喜欢的人则私自进行诽谤非议，或是公然进行排挤。他们互相勾结、贿赂，所盗窃的都是陛下的财产。他们任命官吏配置将领，所盗窃的都是陛下的权柄。陛下所属的宰相、师傅、宾客朋友、谏臣，或是反而出入于他们的门下，承受仰望于他们的示意主张；其中幸有能够自立的人，也不过是拘谨自守，而不敢讲一句斥责他们的话；其中十分敬畏公论的人，也仅能略加警告或驱逐他们的一、二个党徒，既不能对他们有深重地打击，而且最终也不敢以正直的言行直捣他们的藏身之所和巢穴所在。他们势力已成，淫威已立，朝廷内外无不倒向他们，使陛下的号令、官员的罢黜升陟不再出自朝廷，而出自一、二个人的私门，名义上是陛下独自决定，而实际上是这么一、二个人私自暗中执掌权柄。”又说：“巨大的灾祸，一定会来临的忧患，近在早晚，然而惟独陛下还不知道。”孝宗读了朱熹的奏章，悖然大怒说：“这是以为我宋朝将要灭亡了。”朱熹以生病为由，请求一个宫观职务，没有得到答复。欲知后事如何？且听下回分解。